Biologie & Biochemie
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Alt 12.06.2019, 15:48   #1   Druckbare Version zeigen
duuustin Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Ich habe eine kurze Frage zum Thema Aminosäuren.
Wenn ich eine Proteinsequenz habe: Leu-Lys-Arg-lle-Val-Asp-lle-Leu-Ser-Arg-Leu-Phe-Lys-Val. Wie kommt man auf die Windungen.. also ich weiß das man erstmal sagen kann welche Polar und Unpolar sind...


Leu = UP, Lys = P, Arg = P, lle = U, Val = U, Asp = P, lle = U, Leu = U, Ser = P, Arg = P, Leu = U, Phe = U, Lys = P, Val = U


Jetzt kann man sich ja erstmal den Ablauf anschauen, bloß wie kommt man dann auf die Windungen. Ich weiß außerdem, dass durchschnittlich eine Umwindung 3,6 Aminosäurenseitenketten umfasst.
Ist die Helix auf einer Seite immer Polar und auf der anderen Unpolar?


Meine Vermutung ist.... Die Helix ist doch auf einer Seite immer Polar und auf der anderen Seite Unpolar richtig?

Falls ja müsste die Helix 6 Windungen machen.



LG und vielen Dank für die Hilfe! Wäre klasse wenn mir das jemand kurz erklären könnte.

Geändert von duuustin (12.06.2019 um 15:59 Uhr)
duuustin ist offline   Mit Zitat antworten
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Alt 12.06.2019, 16:04   #2   Druckbare Version zeigen
Cyrion Männlich
Mitglied
Beiträge: 6.153
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Zitat:
Zitat von duuustin Beitrag anzeigen
Ich weiß außerdem, dass durchschnittlich eine Umwindung 3,6 Aminosäurenseitenketten umfasst
Und wie viele Aminosäuren hast Du?

Zitat:
Zitat von duuustin Beitrag anzeigen
Meine Vermutung ist.... Die Helix ist doch auf einer Seite immer Polar und auf der anderen Seite Unpolar richtig?
Seit ein paar Jahren ist die alpha-Helix kein Geheimnis mehr. Vielleicht schaust Du Dir mal eine Abbildung an?

Zitat:
Zitat von duuustin Beitrag anzeigen
Falls ja müsste die Helix 6 Windungen machen.

Kannst Du die Rechnung mal aufschreiben?
__________________
Philippus Theophrastus Aureolus Bombastus von Hohenheim: Allein die Dosis machts, daß ein Ding kein Gift sei.

Erfahrung: Wenn es so einfach wäre, hätte es schon längst jemand gemacht
Cyrion ist gerade online   Mit Zitat antworten
Alt 12.06.2019, 18:04   #3   Druckbare Version zeigen
duuustin Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Zitat:
Zitat von Cyrion Beitrag anzeigen
Und wie viele Aminosäuren hast Du?
In der Aufgabe sind 14 Aminosäuren gegeben.

Zitat:
Seit ein paar Jahren ist die alpha-Helix kein Geheimnis mehr. Vielleicht schaust Du Dir mal eine Abbildung an?

Ich bin mir nicht sicher aber wenn ich doch 14 Aminosäuren durch 3,6 AS teile, dann bekomme ich ja die Windungen raus. 14AS/3,6AS = 3,8888 Windungen. Wie würedst du das berechnen? Ich bin da etwas verwirrt.
duuustin ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 12.06.2019, 18:41   #4   Druckbare Version zeigen
duuustin Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Nochmal meineüberarbeitete Antwort:


Also es gibt 14 AS. Eine Umwindung benötigt 3,6 AS.
Das heißt 14 / 3,6 = 3,888 Umwindungen.


Antwort: Die a-Helix macht fast 4 Umwindungen mit dieser Proteinsequenz.


Sitmmt das, dass bei einer a-Helix immer alle Polaren und Unpolaren jeweils auf einer Seite sind? LG
duuustin ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 12.06.2019, 19:53   #5   Druckbare Version zeigen
cg Männlich
Mitglied
Beiträge: 1.489
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

In einem polaren Lösungsmittel werden die unpolaren Gruppen immer eine Micelle bilden und die polaren Gruppen immer dem Lösemittel zugewandt sein, es sei denn es gäbe sterische Hinderungen. Bau ein Modell, dann siehst Du's.
cg ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 12.06.2019, 20:02   #6   Druckbare Version zeigen
Fulvenus Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.105
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Zitat:
Zitat von duuustin Beitrag anzeigen
Stimmt das, dass bei einer a-Helix immer alle Polaren und Unpolaren jeweils auf einer Seite sind? LG
Was meinst du damit,die AS-Seitenreste schauen nach aussen,das Helixinnere bildet das C-N-Rückgrat des Proteins(->https://de.wikipedia.org/wiki/%CE%91-Helix#Struktur ).
Deine rechnung ist soweit richtig.

Fulvenus!
Fulvenus ist gerade online   Mit Zitat antworten
Alt 12.06.2019, 20:10   #7   Druckbare Version zeigen
duuustin Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Zitat:
Zitat von Fulvenus Beitrag anzeigen
Was meinst du damit,die AS-Seitenreste schauen nach aussen,das Helixinnere bildet das C-N-Rückgrat des Proteins(->https://de.wikipedia.org/wiki/%CE%91-Helix#Struktur ).
Deine rechnung ist soweit richtig.

Fulvenus!

Ich meine damit, dass auf der linken Seite und rechten Seite jeweils die Polar und Unpolar AS sind.

So meine ich das.


Helix:
P - U
P - U
P - U
P - U
P - U
P - U
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Alt 12.06.2019, 20:17   #8   Druckbare Version zeigen
Fulvenus Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.105
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Verstehe ich immer noch nicht.
Du hast für ein Protein die feste Primärstruktur als Abfolge der AS,unabhängig von der Polarität der Seitenreste.
In der alpha-helix kommt es dann,je nach Polarität der nach aussen gerichteten Seitenreste,zu unterschiedlichen Wechselwirkungen.

Fulvenus!
Fulvenus ist gerade online   Mit Zitat antworten
Alt 12.06.2019, 20:34   #9   Druckbare Version zeigen
duuustin Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Zitat:
Zitat von Fulvenus Beitrag anzeigen
Verstehe ich immer noch nicht.
Du hast für ein Protein die feste Primärstruktur als Abfolge der AS,unabhängig von der Polarität der Seitenreste.
In der alpha-helix kommt es dann,je nach Polarität der nach aussen gerichteten Seitenreste,zu unterschiedlichen Wechselwirkungen.

Fulvenus!

Also mir ging es einfach um die Windungen der Helix bei 14 Aminosäuren.

Ich meinte halt, dass bei einer Helix die Polaren Seitenketten auf einer Seite sind und die Unpolaren auf einer Seite. Das meinte ich damit. Vielleicht verstehst du das jetzt. Aber die Helix macht fast 4 Umwindungen, das war mir wichtig bei der Aufgabe. Also egal was für eine Sequenz es wird dann immer durch 3,6 AS geteilt. Da es ja eine Umwindung ist.
duuustin ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 13.06.2019, 11:28   #10   Druckbare Version zeigen
Fulvenus Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.105
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Mir ist immer noch nicht klar,von was für "Seiten" du sprichst.
Ein Proein kann eine alpha-Helix ausbilden als Sekundärstruktur.
Dort sind dann durchschnittlich 3,6 AS-Reste pro Windung zu finden.
Dadurch befinden sich zwei AS-Reste,die in der Primärstruktur 3-4 Positionen von einander entfernt sind,in der alpha-Helix benachbart.
Sind zwei in der Primärstruktur nur 2 Positionen entfernt,liegen sie sich in der alpha-Helix gegenüber,die Reste schauen aber stets nach außen.
Das Helixgrundgerüst wird vom C=O/NH-Rückgrat durch WBB gebildet.
Ob sich eine alpha-Helix ausbildet,bzw. deren Stabilität hängt dann von den verschiedenen Seitenresten und deren möglichen attraktiven Wechselwirkungen ab.
Da kann das Verhältnis von polar zu unpolar relevant werden.

Fulvenus!
Fulvenus ist gerade online   Mit Zitat antworten
Alt 13.06.2019, 12:53   #11   Druckbare Version zeigen
chemiewolf Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.654
AW: Wie viele Windungen macht die Helix? Kleine Aufgabe

Zitat:
Zitat von Fulvenus Beitrag anzeigen
Mir ist immer noch nicht klar,von was für "Seiten" du sprichst.
in einer Helix liegen die beiden Seiten innerhalb und ausserhalb der Helix. Innen wird sie von WB stabilisiert, die Seitenketten ragen nach aussen. In Abhängigkeit der Seitenketten präsentiert sie sich so nach aussen mehr oder weniger polar.
__________________
The State Senate of Illinois yesterday abandoned its Committee on Efficiency and Economy for reasons of 'efficiency and economy'.
De Moines Tribune, 6 February 1955
chemiewolf ist offline   Mit Zitat antworten
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Stichworte
aminosaeure, biochemie, biologie, polarität, sequenz

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