Anorganische Chemie
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Synthetic Methods of Organometallic and Inorganic Chemistry
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Anorganische Chemie Anorganik ist mehr als nur Salze; hier gibt es Antworten auf Fragen rund um die "unbelebte Chemie" der Elemente und ihrer Verbindungen.

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Alt 15.03.2019, 21:30   #1   Druckbare Version zeigen
Timmyyy  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 4
Frage zu Natriumazid und niedrigem pH

Hallo Freunde,
ich habe mich hier gerade mal registriert weil ich wie der Titel ja bereits sagt eine Frage zu Natriumazid habe. Ich bin eigentlich Molekularbiologe deshalb bin ich nicht so sehr im Thema drin und hoffe daher dass ihr mir helfen könnt.

Und zwar versuche ich derzeit die Interaktionsflächen von zwei Proteinen durch den Austausch von Wasserstoff mit Deuterium herauszufinden. Meine Proteine sind in Tris-Puffer gelöst (pH 7-7.5 je nach Temperatur)und um sie vor mikrobiellem Befall zu schützen ist in diesen normalerweise 0.1% Natriumazid zugesetzt. Nach dem hydrogen-deuterium-exchange wird die Proteinlösung jedoch mit einem stark sauren Phosphatpuffer (pH 2) in gleichen Teilen vermischt, sodass etwa pH 2.5 entstehen wird.
Jetzt zu meiner Frage:
Kann ich für diese Anwendung meine Proteine weiterhin durch NaAzid schützen oder entsteht durch den niedrigen pH bereits Stickstoffwasserstoffsäure? Falls ja, würde diese bei einer so niedrigen Konzentration (0.05% nach Mischen mit quenching buffer) bereits ausgasen und eine Gefahr darstellen? Und meint ihr HN3 wäre auch ohne auszugasen schädlich für meine Proteine, bzw würde die Stickstoffwasserstoffsäure mit bestimmten Aminosäuren reagieren und meine Enzyme beschädigen?


Liebe Grüße, Tim

edit: Die Mengen wären vermutlich noch wichtig^^ Je nach setup werden Mengen von 10 µl bis 1 ml verwendet





ps: Ich hoffe ich habe in das richtige Unterforum gepostet, falls nicht könnt ihr den thread gerne verschieben

Geändert von Timmyyy (15.03.2019 um 21:41 Uhr)
Timmyyy ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 16.03.2019, 09:38   #2   Druckbare Version zeigen
chemiewolf Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.579
AW: Frage zu Natriumazid und niedrigem pH

Zitat:
Zitat von Timmyyy Beitrag anzeigen
Kann ich für diese Anwendung meine Proteine weiterhin durch NaAzid schützen oder entsteht durch den niedrigen pH bereits Stickstoffwasserstoffsäure?
ja, bei pH 2,5 liegt sie als schwache Säure weitgehend als freie Säure vor.

Zitat:
Zitat von Timmyyy Beitrag anzeigen
Falls ja, würde diese bei einer so niedrigen Konzentration (0.05% nach Mischen mit quenching buffer) bereits ausgasen und eine Gefahr darstellen?
nein, der Siedepunkt liegt bei 36°C und sie ist beliebig mischbar mit Wasser. D.h. sie bleibt weitestgehend in der Lösung.
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chemiewolf ist offline   Mit Zitat antworten
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Alt 16.03.2019, 12:17   #3   Druckbare Version zeigen
imalipusram Männlich
Mitglied
Beiträge: 6.884
AW: Frage zu Natriumazid und niedrigem pH

Zitat:
Zitat von chemiewolf Beitrag anzeigen
nein, der Siedepunkt liegt bei 36°C und sie ist beliebig mischbar mit Wasser. D.h. sie bleibt weitestgehend in der Lösung.
Jein. Meiner Erfahrung nach kann HN3 ausgasen. Man merkts am "Ballonkopf"

Evtl. EDTA oder Citrat zusetzen, das wirkt auch antimikrobiell.
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imalipusram ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 16.03.2019, 13:24   #4   Druckbare Version zeigen
Timmyyy  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 4
AW: Frage zu Natriumazid und niedrigem pH

Ah okay, vielen Dank für die Infos!

Ich glaube dann verzichte ich besser auf das NaAzid bei der Anwendung weil die Proben nicht die ganze Zeit unter dem Abzug aufbewahrt werden sondern auch in die MS müssen und so was. Aber ich finde die Idee mit EDTA super. Wenn ichs richtig im Kopf hat sollte das EDTA den anschließenden Pepsinverdau ja nicht behindern. Hast du evtl noch eine Konzentrationsempfehlung für sehr leicht kontaminierende SEC-buffer? Eine kurze google-Suche schlägt so 1-1.5 mM vor.
Timmyyy ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 16.03.2019, 13:45   #5   Druckbare Version zeigen
imalipusram Männlich
Mitglied
Beiträge: 6.884
AW: Frage zu Natriumazid und niedrigem pH

Zitat:
Zitat von Timmyyy Beitrag anzeigen
Eine kurze google-Suche schlägt so 1-1.5 mM vor.
Im Sauren löst sich EDTA nicht so gut, da protoniert. Ich würde mal 5mM probieren, aber das ganze Experiment zunächst ohne wertvolles Protein durchspielen.
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