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Alt 27.10.2007, 22:36   #1   Druckbare Version zeigen
Stairway Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 36
Suche Anleitung/Tipps zum deuten von CSD-(mol2) Dateien

Hallo liebe Naturwissenschaftler,
nach dem Lehrplan darf ich mich schon im ersten Semester mit Software und Moleküldatenbanken rumschlagen. ob das sinnvoll ist, sei mal dahingestellt.

Ich habe im Internet noch keine gute Anleitung dazu gefunden, welche Informationen man alle aus den mol2-Dateien der Cambridge Structural Database erhalten kann-v.a. ohne Zeichenprogramm. Meine Vermutungen (wegen der Röntgenstrukturanalyse als Basis)sind

man kann nicht herauslesen:
AS-Sequenz, Reaktionspfade, NMR-Spektrum, Bindungsenthalpie, Schmelzpunkt

man kann herauslesen:
Atompositionen, Bindungsordnungen, Kristallstruktur, Kristallwasserpositionen

gar nicht sicher bin ich mir bei der Ladungsverteilung. Einerseits tauchen Formalladungen natürlich nicht auf, andererseits werden die Röntgenstrahlen ja von unterschiedlichen "Elektronendichtenzonen" gebrochen.

Dankeschön für Hinweise, Christian
Stairway ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 27.10.2007, 22:47   #2   Druckbare Version zeigen
bm  
Moderator
Beiträge: 54.171
AW: Suche Anleitung/Tipps zum deuten von CSD-(mol2) Dateien

Bitte den link.

Bitte eine treffend formulierte Frage. Danke.
bm ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 27.10.2007, 22:53   #3   Druckbare Version zeigen
Stairway Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 36
AW: Suche Anleitung/Tipps zum deuten von CSD-(mol2) Dateien

Oh, sorry-

also hier ist eine Sampledatei in diesem Format (benzene) http://www.tripos.com/mol2/mol2_format3.html

Ich frage mich, ob man aus solchen Dateien auch Informationen über die Ladungsverteilung gewinnen kann.
(Falls jemand eine Seite kennt, die gute Erklärungen zur Interpretation bietet, wäre da natürlich auch super)
Stairway ist offline   Mit Zitat antworten
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Alt 27.10.2007, 23:38   #4   Druckbare Version zeigen
ehemaliges Mitglied  
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Beiträge: n/a
AW: Suche Anleitung/Tipps zum deuten von CSD-(mol2) Dateien

Scheiße, jetzt hab ich auf ändern statt auf Zitat geklickt...

Also: In den mol-files, hast du halt nur noch Atompositionen, also die molekulare Struktur, keine Information mehr über die Kristallstruktur...

Geändert von Pjotr (27.10.2007 um 23:45 Uhr)
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Alt 27.10.2007, 23:45   #5   Druckbare Version zeigen
Stairway Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 36
AW: Suche Anleitung/Tipps zum deuten von CSD-(mol2) Dateien

Daraus leite ich ab, dass man dem keine Aussagen über die Ladungsverteilung entnehmen kann-

Danke sehr
Stairway ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 27.10.2007, 23:55   #6   Druckbare Version zeigen
ehemaliges Mitglied  
nicht mehr Mitglied
Beiträge: n/a
AW: Suche Anleitung/Tipps zum deuten von CSD-(mol2) Dateien

Zitat:
Zitat von Stairway Beitrag anzeigen
Daraus leite ich ab, dass man dem keine Aussagen über die Ladungsverteilung entnehmen kann-
Richtig, aber man kann mit diesen Atompositionen Input-files für Quantenchemieprogramme erstellen und dann solche Sachen wie Ladungsverteilung berechnen.
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