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Alt 27.08.2002, 10:01   #1   Druckbare Version zeigen
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Beiträge: n/a
Bioinformatik - Globale Alignments

Hallo Ihr Lieben,

ich habe ein Problem mit einem Projekt das ich in meinem Kurs Bioinformatik bearbeiten soll. Es geht dabei um Globale Alignments und die Suchmaschine http://fold.stanford.edu/alion/

Kann mir jemand bitte verständlich erklähren worum es bei den Globalen Alignments geht?
Und kann mir jemand sagen was es mit dieser Suchmaschine auf sich hat?
Ich würde gerne wissen was das für Parameter sind die man dort eingeben kann und was das für Werte sind die man als Ergebnis bekommt.

Ich wäre auch dankbar für gute und verständliche Literatur Tipps zu dem Thema ( am liebsten auf deutsch ).

Danke für Eure Hilfe
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Alt 27.08.2002, 12:57   #2   Druckbare Version zeigen
schlumpf  
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Beiträge: 1.885
hm, reichlich obskur, wenn schon nicht mal ein Paper dabei rausgesprungen ist, nur eine 'personal communication'.

Muss es diese website sein? Ich bin (als gelegentlicher Bioinformatik-Nutzer und eher -Laie) immer mit Swissprot ganz gut gefahren.

Und was für parameter meinst du? Mit den gaps?

Das Prinzip ist: jedes 'passen' oder 'ähnlich sein' von zwei Sequenzen gibt 'Bonuspunkte'. Wenn eine Lücke in eine der beiden Sequenzen eingeführt wird, gibt es 'Strafpunkte', umso mehr je länger die Lücke ist.

Mit den Algorithmen kenne ich mich nicht aus ....
schlumpf ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 30.08.2002, 09:16   #3   Druckbare Version zeigen
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Beiträge: n/a
Bioinformatik - Globales Alingnment

Hallo nochmal Ihr Lieben,

ich habe auch noch die Möglichkeit mit den zwei unten genannten Suchmaschinen zu arbeiten, kann jemand vielleicht zu diesen etwas sagen!

http://genome.cs.mtu.edu/align/align.html
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu/seq-search/alignment.html

Liebe Grüße und Danke im Vorraus
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Alt 30.08.2002, 17:15   #4   Druckbare Version zeigen
schlumpf  
Mitglied
Beiträge: 1.885
zumindest die erste Suchmaschine hat doch (wenn du auf den Titel klickst) ausführliche Erklärungen und ein ein ausführliches Literaturverzeichnis.

Aber wie gesagt, ich bin da kein Experte ...
schlumpf ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 31.08.2002, 18:53   #5   Druckbare Version zeigen
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Beiträge: n/a
Hi,
unter
http://www.informatik.fh-muenchen.de/~schieder/bioinformatik-ss00/03-dietrich/ppframe.htm
gibt es eine anscheinend brauchbare Erläuterung zum Thema, insebsondere zu dem Algorithmus von Needleman & Wunsch, bin aber auch kein Bioinformatiker und deshalb nur bedingt in der Lage die Qualität der Folien zu beurteilen ... aber vielleicht hilft´s.
Außerdem gibt es zu dem Programm Bioedit unter
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/BioDoc.pdf
eine ausführliche Hilfe, die einige der Dinge auch anspricht, allerdings in Englisch.
Beste Grüße
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