Allgemeine Chemie
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Alt 25.02.2007, 20:42   #1   Druckbare Version zeigen
Leila82  
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Themenersteller
Beiträge: 5
Atombindung aus Koordinaten berechnen.

Moin Moin,

ich habe ein Koordinatensystem xyz. An einer bestimmten Position befindet sich z.B. ein Kohlenstoffatom, an einer anderen ein Wasserstoff Atom. Gibt es Formeln womit man berechnen kann ob die Atome eine Bindung eingehen? Bsp. Wasserstoff ist 2 Einheiten von Kohlenstoff entfernt und geht keine Bindung ein, bei einer Entfernung von 1 Einheit geht es eine Bindung ein. Kann man das irgendwie ausrechnen?

MfG Leila
Leila82 ist offline   Mit Zitat antworten
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Alt 25.02.2007, 21:46   #2   Druckbare Version zeigen
Leila82  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 5
AW: Atombindung aus Koordinaten berechnen.

Moin Moin

Ist keine Aufgabe. Ich progammiere einen kleinen Molekül Viewer, welcher Atome in 3D darstellen soll. Dazu lese ich .pdb Dateien ein. Also nur kleine Molekül Dateien ( siehe http://www.nyu.edu/pages/mathmol/library/). In den pdb. Dateien erkenne ich keinen Zusammenhang, wie und ob Atome miteinander verbunden sind. Es sind jedoch die x,y, und z Koordinaten vorhanden. Wenn ich die pdb. Dateien veränder, dass z.B. die Atome weiter auseinander liegen, werden sie mit anderen Visualisierungstools wie Jmol nicht mehr als verbunden gezeichnet. Darum denke ich das es schon möglich ist, nur wie?
Leila82 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 25.02.2007, 21:55   #3   Druckbare Version zeigen
ehemaliges Mitglied  
nicht mehr Mitglied
Beiträge: n/a
AW: Atombindung aus Koordinaten berechnen.

Warum willst du einen neuen pdb-Viewer programmieren? Gibt doch genügend...

Und ab welchem Atomabstand die Atome verbunden werden sollen, muß man dem Viewer schon mitteilen.
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Alt 25.02.2007, 22:02   #4   Druckbare Version zeigen
Leila82  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 5
AW: Atombindung aus Koordinaten berechnen.

Zitat:
Zitat von Pjotr Beitrag anzeigen
Warum willst du einen neuen pdb-Viewer programmieren? Gibt doch genügend...
Ich bringe mir grade das Programmieren bei, was besseres ist mir nicht eingefallen. Die Viewer die es gibt sind alle so komplex...
Zitat:
Und ab welchem Atomabstand die Atome verbunden werden sollen, muß man dem Viewer schon mitteilen.
Jap, und dafür suche ich einen Weg. Wie finde ich heraus ob die Atom verbunden sind? Ich könnte ja einfach vorhandene Bindungslängen nehmen und vergleichen?
Leila82 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 26.02.2007, 10:59   #5   Druckbare Version zeigen
Tino71 Männlich
Moderator
Beiträge: 6.935
Blog-Einträge: 41
AW: Atombindung aus Koordinaten berechnen.

Da mußt Du Dir dann überlegen, ob Du als Bindungskriterium die Summe der Atomradien, der Van-der-Waals-Radien oder der Ionenradien nehmen willst.
__________________
Vor dem Gesetz sind alle Katzen grau
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