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Alt 28.01.2007, 12:13   #1   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 14
'OCR' fuer Spektren

Hi, bin nicht sicher, ob diese Ankuendigung besser hier oder im Informatikteil platziert ist. Im Informatikteil war es mir dann zuwenig Chemie :-)

Ich moechte auf ein kleines Projekt aufmerksam machen, welches es auf besonderen Wunsch vor wenigen Tagen begonnen habe. Ein Freund von mir fragte mich, ob ich ein Programm kenne, mit dem er alte Spektren auf Papier wieder sinnvoll in den Rechner bekommt. Durch einfaches einscannen bekommt man zwar schoene Bilder, die sind aber auch nicht viel mehr Wert, als eingescannter Text.

Ich kenne kein Programm, mit dem das mit vernuenftigen Aufwand moeglich ist. Nachdem ich etwas drueber gegruebelt habt, glaube ich nun, dass das gar nicht so schwer ist, und habe folgendes SourceForge-Projekt gestartet:

http://sourceforge.net/projects/spectrascan/

Es ist noch sehr am Anfang und nur rudimentaer verwendbar. Wer aber auch noch einen Haufen Papier zuhause hat, den er in den Rechner bekommen moechte, kann ja mal gucken und vielleicht den einen oder anderen Kommentar/Wunsch abgeben.
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Alt 28.01.2007, 12:18   #2   Druckbare Version zeigen
bm  
Moderator
Beiträge: 54.171
AW: 'OCR' fuer Spekren

Läuft das nur unter Linux?

Geändert von bm (28.01.2007 um 12:40 Uhr)
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Alt 28.01.2007, 12:30   #3   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
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Themenersteller
Beiträge: 14
AW: 'OCR' fuer Spekren

Zitat:
Zitat von bm Beitrag anzeigen
Läauft das nur unter Linux?
Ich entwickle es unter Linux. Aber es verwendet die Qt-Lib. Dadurch sollte es sich ohne Probleme und ohne extra Anpassungen auch unter Windows compilieren lassen. Ich teste es aber nicht unter Windows.
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Alt 29.01.2007, 19:34   #4   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
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Themenersteller
Beiträge: 14
Re: AW: 'OCR' fuer Spektren

Wer auch immer den Tippfehler im Titel korrigiert hat: Danke. :-)
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Alt 14.03.2007, 09:34   #5   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 14
Re: 'OCR' fuer Spektren

Kleines Update.

Zunächst mal, das Programm ist noch lange pre-alpha. Das heißt noch lange nicht fertig. Es lassen sich aber trotzdem schon ein paar schöne Sachen mit machen.

Das ist aber nicht der Grund für dieses Update. Aus Neugierde und da ich etwas Zeit hatte, bin ich der Frage nachgegangen, ob es auch unter Windows läuft. Die seit heute aktuelle Version lässt sich problemlos mit Qt 4.2.3 unter Visual Studio 2005 kompilieren, d.h. ich kann bestätigen, dass es läuft. Allerdings weigere ich mich Binaries zur Verfügung zu stellen.

Ich könnte übrigens ein paar eingescannte Spektren zum Testen gebrauchen. Format ist fast egal (jpeg, gif, tiff..). Wer mir da helfen kann: Bitte melden.
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Alt 31.03.2007, 11:31   #6   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
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Themenersteller
Beiträge: 14
Re: 'OCR' fuer Spektren

Ein weiteres Update:

SpectraScan ist jetzt offiziell beta.

Es hat ein paar kleine Änderungen mitbekomme, die wichtigste ist, dass eine vorgenommene Achsenskalierung beim Export erhalten bleibt.

Das 'beta' bezieht sich übrigens nur auf das Hauptprogramm. Die Export- und Filterplugins sind noch sehr primitiv und buggy. Das wird nun der Hauptteil der folgenden Entwicklung.

Seit heute gibt es übrigens auf SourceForge Windows-Binaries. Es sind die Binaries der Version 0005. Das Zip-File enthält allerdings nicht die notwendige Qt Laufzeitumgebung. SpectraScan brauch Qt 4.2.3, welches hier:

wwww.trolltech.com

gefunden werden kann.

Ich übernehme keine Verantwortung für irgendwelche Viren oder ähnliches Getier. Windows ist nicht mein bevorzugte Entwicklungs- oder Arbeitsplattform. Es ist zwar unwahrscheinlich, dass ich mir was eingefangen habe, da meine Installation nicht am Netz hängt und außer zur Entwicklung praktisch nicht benutzt wird, aber ausschließen kann ich es nicht. Ich suche auch nicht nach Viren.

Wem das zu unsicher ist, dem bleiben immer noch die Sourcen.

Ein paar Screenshots und eine Kurzbeschreibung was das Programm kann und nicht kann, findet man hier:

http://spectrascan.sourceforge.net/
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Alt 31.03.2007, 11:37   #7   Druckbare Version zeigen
bm  
Moderator
Beiträge: 54.171
AW: 'OCR' fuer Spektren

Kann man da auch eine durchbare Spektrenbiblithek aufbauen?

btw.: brauchst Du noch Spektren?
bm ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 31.03.2007, 12:24   #8   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 14
Re: AW: 'OCR' fuer Spektren

Zitat:
Zitat von bm Beitrag anzeigen
Kann man da auch eine durchbare Spektrenbiblithek aufbauen?
Sagen wir es mal so: Ich habe jetzt die erste Version des Grundprogramm fast (!) fertig. Dabei sind mir einige Ideen gekommen, z.B. weitere Programmteile aus dem Grundprogramm selbst zu entfernen und als Plugins zu realisieren.

Das würde das Programm noch flexibler machen. Damit wollte ich aber warten, bis ich die erste Version stabil habe und etwas Feedback bekomme. Es macht keinen Sinn, wenn ich mir meine eigene 'Projektkatastrophe' durch den üblichen feature creep schaffe.

Die Plugins, an die ich denke, könnten beispielsweise Multipletts in NMR-Spektren suchen und identifizieren. Andere Plugins könnten helfen MS-Spektren auszuwerten. Es könnte auch Plugins geben, die Daten mit einer Datenbank abgleichen. Das ist alles allerdings noch in weiter Ferne. Und mit der jetzigen Version unmöglich.


Zitat:
Zitat von bm Beitrag anzeigen
btw.: brauchst Du noch Spektren?
Ja, gerne. Es besteht immer die Gefahr, dass ich das Programm auf dieses eine Demospektrum optimiere, und Probleme übersehe. Ein Problem, dass ich zwar gesehen habe, aber erstmal absichtlich ignoriert habe, ist dass das Programm derzeit nur für Spektren mir linearen Achsen funktioniert.

Ergänzung:
Eine weitere Idee für ein Plugin, welche wahrscheinlich schneller realisiert wird, ist bestimmte Punkte im Spektrum mit dem Cursor anfahren zu können und deren Koordinaten selektiv in ein File schreiben zu können. Daraus sollen dann 'Textbausteine' gemacht werden, die dann per Copy/Paste evtl. mit leichen Anpassungen in Veröffentlichungen übernommen werden können.

Geändert von Guido Seifert (31.03.2007 um 12:33 Uhr) Grund: Ergänzung
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Alt 31.03.2007, 12:31   #9   Druckbare Version zeigen
bm  
Moderator
Beiträge: 54.171
AW: 'OCR' fuer Spektren

Suchfunktion wäre praktisch. Wir haben sowas für unsere UV-VIS-Spektren und identifizieren darüber eine Menge Substanzen.

Hier mal ein NMR.
Angehängte Grafiken
Dateityp: jpg 107.jpg (26,5 KB, 9x aufgerufen)
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Alt 31.03.2007, 13:29   #10   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 14
Re: AW: 'OCR' fuer Spektren

Zitat:
Zitat von bm Beitrag anzeigen
Suchfunktion wäre praktisch.
Das denke ich mir. Zu meiner Studienzeit hätte ich den rechten Arm (meines Profs. ) für so ein Programm gegeben. Allerdings die Hauptaufgabe von SpectraScan bleibt erstmal die Umwandlung von Bildern in ein machschinenlesbares Datenformat. Wenn das erledigt ist, ist der Rest ohnehin fast trivial.

Zitat:
Zitat von bm Beitrag anzeigen
Hier mal ein NMR.
Danke. Anbei (wenn es mir den Attachment klappt) ein Textfile mit den Daten
und ein Bild, welches aus den Daten mit gnuplot erzeugt wurde.

Hmm, hat wohl nicht mit den Attachments geklappt.

Geändert von Guido Seifert (31.03.2007 um 13:30 Uhr) Grund: Attachments
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Alt 31.03.2007, 13:35   #11   Druckbare Version zeigen
bm  
Moderator
Beiträge: 54.171
AW: 'OCR' fuer Spektren

Upload-Funktion des Forums.
Hochladen :

http://www.chemieonline.de/forum/attachment.php?attachmentid=7552&stc=1&d=1162321602

Nicht alle Dateiendungen sind erlaut.
bm ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 31.03.2007, 13:39   #12   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 14
Re: AW: 'OCR' fuer Spektren

Tja, das habe ich auch eigentlich gemacht. In dem Manager sind bei Files auch aufgeführt, aber gekennzeichnet als mit keinem Thread verbunden.
Guido Seifert ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 31.03.2007, 13:42   #13   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 14
Re: 'OCR' fuer Spektren

Neuer Versuch: Attachments?

Ah, diesmal ging es.
Angehängte Grafiken
Dateityp: jpg NMR1Gnuplot.jpg (18,9 KB, 9x aufgerufen)
Angehängte Dateien
Dateityp: txt NMR1.txt (21,1 KB, 4x aufgerufen)
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Alt 31.03.2007, 13:52   #14   Druckbare Version zeigen
bm  
Moderator
Beiträge: 54.171
AW: 'OCR' fuer Spektren

Habe da lange Zahlenkolonnen. Sieht mit nicht nach csv aus.
Angehängte Grafiken
Dateityp: jpg 108.jpg (166,2 KB, 7x aufgerufen)
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Alt 31.03.2007, 13:59   #15   Druckbare Version zeigen
Guido Seifert  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 14
Re: AW: 'OCR' fuer Spektren

Ah, das ist das übliche Unix/Windows Problem mit dem Zeilenumbruch. Daran denke ich nie.

Und ja, die Zahlen sind nicht durch Kommata, sondern durch Leerzeichen getrennt. Damit kann gnuplot, welches ich benutzt habe, das Bild zu 'rekonstruieren', leichter umgehen. Das Trennzeichen kann man aber einstellen. Per Default wird ein Komma benutzt. Zur Auswahl steht auch ein Leerzeichen oder ein Tab im jetzigen Export-Plugin.
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