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Alt 16.04.2003, 15:41   #1   Druckbare Version zeigen
hippie Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 5.283
Frage "Rekursives" Molecular Modelling (Vektoren statt XYZ-Koordinaten)?

Im PDB-Format sind ja die Koordinaten der einzelnen Atome als explizite XYZ-Koordinaten gegeben.
Es müsste doch auch möglich sein eine Struktur "rekursiv" zu beschreiben, damit meine ich, dass man jede Bindung als Vektor zwischen den gebunden Atomen darstellt, sich also von Atom zu Atom hangelt.

Gibt es ein derartig aufgebautes Dateiformat?
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hippie
Erwin kann mit seinem Psi/kalkulieren wie noch nie/doch wird jeder leicht einsehn/Psi lässt sich nicht recht verstehn -- E. Hückel
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Alt 21.04.2003, 20:12   #2   Druckbare Version zeigen
minutemen Männlich
Mitglied
Beiträge: 3.865
oops, wieso hab ich denn die frage übersehen?

gibts alles & ist eine übliche eingabeform molekularer geometrien. strichwort zmatrix
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Alt 22.04.2003, 08:54   #3   Druckbare Version zeigen
schlumpf  
Mitglied
Beiträge: 1.885
Ausschließlich mit den Bindungen ist die Struktur massiv unterbestimmt, auch mit noch 'extra' Distanzinformationen. Erst die vollständige Distanzmatrix enthält auch die vollständige Strukturinformation. Die vollständige Distanzmatrix kann allerdings bei großen Molekülen (Proteinen etc.) recht länglich werden, so daß man in der Praxis der Koordinatendarstellung den Vorzug gibt. Nicht umsonst ist das pdb-Format von der Protein Data Bank abgeleitet.

Das ganze Thema (also auch: wie komme ich möglichst rechenzeiteffektiv von der einen in die andere Darstellung) fällt unter das Stichwort 'Distanzgeometrie'. Das war vor ca. 10-15 Jahren ziemlich in der Diskussion, da es seinerzeit für die Proteinstrukturbestimmung per NMR wichtig erschien.
schlumpf ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 22.04.2003, 10:25   #4   Druckbare Version zeigen
minutemen Männlich
Mitglied
Beiträge: 3.865
die z-matrix enthält ja neben den bindungslängen und -winkeln auch die dihedralwinkel. damit ist die struktur vollständig & eindeutig gegeben.
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Alt 25.04.2003, 00:55   #5   Druckbare Version zeigen
hippie Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 5.283
Danke für die Antworten

Was die Molekülgröße angeht, wird das Ganze (wenn es denn wirklich was werden sollte) nicht allzu wild, mir geht es im Moment um ein relativ simples Molekül (96 Atome).

Ich werde mal anfangen Material zu suchen. Gibt es da irgendwelche bestimmten Journals (bzw Bücher (?)), die ich besonders in Augenschein nehmen sollte, was molecular modelling angeht?
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hippie
Erwin kann mit seinem Psi/kalkulieren wie noch nie/doch wird jeder leicht einsehn/Psi lässt sich nicht recht verstehn -- E. Hückel
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Alt 25.04.2003, 08:32   #6   Druckbare Version zeigen
schlumpf  
Mitglied
Beiträge: 1.885
Das immer noch beste Lehrbuch (wenigstens für biochemische Anwendungen und für semiempirische Methoden) ist: Andrew Leach - Molecular Modeling, Principles and Applications.

Leider nicht ganz billig.
schlumpf ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 26.04.2003, 21:16   #7   Druckbare Version zeigen
hippie Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 5.283
Zitat:
Originalnachricht erstellt von schlumpf
Das immer noch beste Lehrbuch (wenigstens für biochemische Anwendungen und für semiempirische Methoden) ist: Andrew Leach - Molecular Modeling, Principles and Applications.
Leider nicht ganz billig.
Dafür gibt es ja Bibliotheken (und wenn ich es mir wirklich anschaffen sollte Großeltern... )

Danke auch für die Hinweise per eMail!
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hippie
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