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Alt 17.01.2009, 15:44   #1   Druckbare Version zeigen
TNT-Freak weiblich 
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Achtung Einkristallstruktur auswerten

Hallo alle zusammen,

ich bräuchte mal eure Hilfe!
Bei mir wurde ein Einkristall gemessen und die Strukturverfeinerung schon gemacht und nun habe ich die Aufgabe alle Werte rauszuschreiben (Winkel, Abstände, etc etc) und habe eine ganze Ladung an datein bekommen. Aber ich habe sowas bis jetzt noch nie gemacht und weiss nicht wie es geht
folgende datein hab ich

file.ins =>eingabedatei zur strukturvereinerung??
file.hkl => Messdaten??
file.res ==> was steht da drin??
file.ins ==> was steht ihr genau drin??

aus welcher datei kann ich
winkel
bindungslänge
Messparameter
r-werte
etc rausbekommen


danke jetzt schon
(ich kann nur windwos kommander benutzen)
oder platon aber da weiss ich nicht wie das geht
lg tnt freak
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Alt 17.01.2009, 16:17   #2   Druckbare Version zeigen
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AW: Einkristallstruktur auswerten

Zitat:
Zitat von TNT-Freak Beitrag anzeigen
file.ins =>eingabedatei zur strukturvereinerung??
file.hkl => Messdaten??
file.res ==> was steht da drin??
file.ins ==> was steht ihr genau drin??
Die hkl-Datei enthält die gemessenen Daten, richtig. .ins und .res sind In- bzw. Output Dateien von SHELXL (ein Programm zur Strukturverfeinerung)

Zitat:
aus welcher datei kann ich
winkel
bindungslänge
Messparameter
r-werte
etc rausbekommen
Hat der Kristallograph dir keinen cif-file erstellt? Die Datei enthält alle relevanten Informationen und in der Form werden Kristallstrukturen auch elektronisch deponiert.

Zitat:
oder platon aber da weiss ich nicht wie das geht
Mit Platon kannst Du Dir zumindest einen cif-file schreiben lassen, aus dem Du Bindungslängen und -winkel entnehmen kannst.

Der R1-Wert steht auch unten im res-file. Die anderen R-Werte und Bindungslängen und -winkel könntest du noch im lst-file finden, falls du den auch hast.

Aber der beste Weg wäre Montag nochmal zum Kristallographen zu gehen, der die Struktur verfeinert hat, und um einen (ausgefüllten!) cif-file zu bitten. Da steht alles drin, was du brauchst.

Wenn ich für andere Leute was messe, dann gebe ich auch nur den fertigen cif-file raus und keine anderen Dateien.
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Alt 20.01.2009, 12:07   #3   Druckbare Version zeigen
TNT-Freak weiblich 
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AW: Einkristallstruktur auswerten

erstmals vielen danke für deine sehr schnelle Antwort

leider ist diejenige person zur zeit nicht da - die gemessen hat

meine frage ist - wie erstelle ich ein cif.file in platon

nehme ich dazu das file.res und lass in platon integrieren?? mir ist nur wichtig mit welchem file.endung ich reingehen muss - den rest bekomme ich hin!


danke nochmals
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Alt 20.01.2009, 12:36   #4   Druckbare Version zeigen
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AW: Einkristallstruktur auswerten

Zitat:
Zitat von TNT-Freak Beitrag anzeigen
leider ist diejenige person zur zeit nicht da - die gemessen hat


Falls du Zugang zu SHELXL hast, dann kannste dir den cif-file auch selber erstellen.

Zitat:
meine frage ist - wie erstelle ich ein cif.file in platon
res- oder ins-file öffnen, das ist egal. Dann im Platon Graphical Menu CIF-LOCAL oder CIF -acc drücken. Dann wird eine .acc Datei erstellt, die in .cif umbenennen. Da steht aber jede Menge Zeug drin, das man rauslöschen bzw. editieren sollte. Standardabweichungen fehlen auch. Wenn du die Struktur publizieren willst, kommst du nicht drum herum einen ordentlichen cif-file mit SHELXL zu erzeugen.

Wenns dir erstmal nur um die Diskussion von Bindungslängen u. -winkeln geht, dann besser in den lst-file schauen.
Angehängte Grafiken
Dateityp: png Unbenannt.PNG (17,6 KB, 9x aufgerufen)
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Alt 20.01.2009, 12:42   #5   Druckbare Version zeigen
TNT-Freak weiblich 
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AW: Einkristallstruktur auswerten

super danke - du hast mir sehr geholfen :-)


danke nochmal
so kann ich für meien masterarbeit wenigstens anfangen die bindungslängen/winkel zu sortieren
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Alt 20.01.2009, 13:18   #6   Druckbare Version zeigen
Tino71 Männlich
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AW: Einkristallstruktur auswerten

SHELX schreibt auch eine .lis-datei, da steht alles drin, noch genauer und besser lesbar (find ich) als im cif.
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Vor dem Gesetz sind alle Katzen grau
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Alt 20.01.2009, 14:02   #7   Druckbare Version zeigen
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AW: Einkristallstruktur auswerten

@Tino: Du meinst sicher die .lst Datei? Hatte ich ja oben erwähnt..
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Alt 20.01.2009, 15:20   #8   Druckbare Version zeigen
Tino71 Männlich
Moderator
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AW: Einkristallstruktur auswerten

Ach, sorry, hab ich überlesen!
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Vor dem Gesetz sind alle Katzen grau
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Alt 29.01.2009, 14:04   #9   Druckbare Version zeigen
TNT-Freak weiblich 
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AW: Einkristallstruktur auswerten

so jungs - jetzt kann ich schon ganz alleine ein file.cif ersellen :-)

aber zu noch eine letzte frage - ich sollte meine struktur veröffenltichen

wo bekomme ich eigentlich am besten die Standardabweichungen von bindungslängen/-winkel her??

gehts das mit platon - wenn ja wie??


danke nochmal für eure immer schnelle hilfe :-)
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Alt 29.01.2009, 15:13   #10   Druckbare Version zeigen
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AW: Einkristallstruktur auswerten

Zitat:
Zitat von TNT-Freak Beitrag anzeigen
so jungs - jetzt kann ich schon ganz alleine ein file.cif ersellen :-)
Aber auch ausfüllen und dann mit checkcif/Platon überprüfen.

Zitat:
wo bekomme ich eigentlich am besten die Standardabweichungen von bindungslängen/-winkel her??
Direkt aus dem cif-file, welcher mit dem Verfeinerungsprogramm, also hier SHELXL erstellt sein sollte.

Nachfolgend von _geom_special_details. Standardabeweichungen stehen in Klammern.

Es gibt aber Tools die aus dem cif-File Tabellen generieren, wo das in etwas lesbarer Form ist. Mußt mal nach ciftab, xcif oder printcif etc. googlen.

Alternativ stehts auch im lst-file.

Zitat:
gehts das mit platon - wenn ja wie??
Platon kann Tabellen aus cif-files erzeugen, aber dabei ist Vorsicht geboten. Da Platon seine eigenen calc-tools hat, sind die angegebenen Werte nicht notwendigerweise identisch mit denen aus dem cif-file. Deswegen am besten immer direkt aus dem cif-file nehmen. Nur so ist sicher gestellt, dass die Zahlenwerte die man im Text angibt auch mit denen im cif-file übereinstimmen.
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Alt 29.01.2009, 17:47   #11   Druckbare Version zeigen
Tino71 Männlich
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AW: Einkristallstruktur auswerten

Schreib doch einfach ACTA in dein Shelx-Eingabefile. Editieren des enstandenen cif-files mit encifer, Überprüfen mit checkcif, Tabellen extrahieren mit ciftab. Fertig. Wo ist denn das Problem ?
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Tino71 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 30.01.2009, 14:50   #12   Druckbare Version zeigen
TNT-Freak weiblich 
Mitglied
Themenerstellerin
Beiträge: 60
AW: Einkristallstruktur auswerten

Lieber Tino71,

ich mach das zum allersten mal und keiner hat mir gesagt wie ich es machen soll ;-)

also was editierst du im cif-file mit encifer?
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Alt 30.01.2009, 15:03   #13   Druckbare Version zeigen
Tino71 Männlich
Moderator
Beiträge: 6.935
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AW: Einkristallstruktur auswerten

Na alles das, was nicht von selbst reingeschrieben wurde (also alles außer Symmetrieoperatoren, Koordinaten, Bindungslängen, -winkeln etc) reinschreiben. Also die Fragezeichen mit Inhalt füllen.

Biste im AK Schnick?
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Tino71 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 30.01.2009, 15:10   #14   Druckbare Version zeigen
TNT-Freak weiblich 
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Themenerstellerin
Beiträge: 60
AW: Einkristallstruktur auswerten

Nein


dann würde es mir ja einer erklären

ach mist ich komm einfach nicht damit zurecht


der ciftab gibt mir beim öffnen immer eine fehlermeldung


kennst du jemanden aus AK Schnick?
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Alt 30.01.2009, 15:18   #15   Druckbare Version zeigen
Tino71 Männlich
Moderator
Beiträge: 6.935
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AW: Einkristallstruktur auswerten

Da ist nicht viel zu erklären. Die Ergebnisse der Verfeinerung schreibt das Verfeinerungsprogramm rein. Alles andere mußte von Hand reinschreiben. Zu den Einträgen, die Du noch vervollständigen mußt, kannst Du im Encifer Hilfe anzeigen lassen (z.B. was der Sinn des eintrags ist, wie er auszusehen hat, was erlaubte Werte dafür sind etc). Der checkcif mault beim Testen des cif-files eigentlich immer. Wichtige Fehler sind rot und müssen korrigiert werden. Die Alert-Levels B-G sind nicht überkritisch zu bewerten, das hängt aber davon ab, an welche Zeitschrift man das Ganze schicken will.

Wenn Du die Schnicks kennst, frag doch einfach einen von denen, ob er sich kurz mal mit Dir hinsetzt und Dir das zeigt. Oder ob Du einen Beispiel-cif von denen haben kannst - zum Abgucken. Das machen die bestimmt. Sind ja nette Leute.
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