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Alt 23.08.2018, 13:50   #1   Druckbare Version zeigen
DestinyErased  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 9
Introns einfügen, warum?

Hallo,

ich habe eine Frage, ich werde demnächst eine Genomorganisation am Gelbfiebervirus durchführen (Ich bin Student, also kaum bis Null Erfahrung).
Ich hab von dem Leitenden Doktor eine Kurzzusammenfassung der Schritte bekommen, ist auch alles so weit klar, bis auf einem Punkt.
Ich zitiere den mal der einfach halt halber:

Zitat:
It is expected that a synthesis of a correct viral RNA will be hampered, because of a work of cellular splicing machinery. So-called aberrant splicing of long RNAs may occur in nuclei which will result in a generation of defective transcripts. To suppress the aberrant splicing one or more introns may be needed to be placed within selected locations of the cDNA. With this regard pre-existing publications greatly facilitate works because a procedure of selecting suitable introns and places for insertion(s) of intron(s) is fully empiric (trial-and-error) process.
Mein Problem ist... ich verstehe ums verrecken nicht wie das einfügen von Introns in die cDNA(!) das fehlerhafte transkribieren durch das "aberrant splicing" - also das alternative spleißen - unterdrückt?!
Nach meinem Kenntnisstand funktioniert das Alternative Spleißen ja nur wenn Introns vorhanden sind.
Und das ist mein nächstes Problem, wie kann das alternative splicen die Transkription der cDNA (wo ja keine Introns mehr vorhanden sind) negativ beeinflussen?
Ich hab schon sehr viel im Internet danach gesucht aber einfach nix gefunden.
Und bevor ich mir die Blöße gebe und den Herrn Dr. frage, wollte ich hier erst mal nachfragen

Danke schon mal im voraus.

Gruß
DestinyErased ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 23.08.2018, 14:18   #2   Druckbare Version zeigen
safety  
Mitglied
Beiträge: 1.411
AW: Introns einfügen, warum?

Ich habe keine Ahnung von Gentechnik, aber "aberant" ist nicht alternativ, sondern anomal, siehe z.B. vitro chromosome aberration test
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Alt 23.08.2018, 19:41   #3   Druckbare Version zeigen
DestinyErased  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 9
AW: Introns einfügen, warum?

Ah okay, seltsam, immer wenn ich danach gesucht habe bin ich beim alternativen spleißen gelandet ^^".
Aber das ganze macht dadurch jetzt nicht mehr Sinn
DestinyErased ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 24.08.2018, 06:56   #4   Druckbare Version zeigen
zarathustra  
Moderator
Beiträge: 11.609
AW: Introns einfügen, warum?

Unsere Zellen sind darauf eingestellt, dass prä-mRNAs gebildet werden, die noch Intron-Sequenzen enthalten. Die müssen dann natürlich entfernt werden (splicing), um eine reife mRNA zu erhalten, die dann aus dem Zellkern in Cytoplasma und an die Ribosomen gelangen kann.
Nun ist die ganze Maschinerie in den Zellen nicht darauf gefasst, dass eine lange mRNA-Sequenz kommt, die keine Introns hat. Deswegen werden die entsprechenden Proteine versuchen, ein splicing durchzuführen - und machen damit deine Sequenz kaputt.
Das Problem lässt sich lösen, indem man extra Introns einbaut, dann kann normales Splicing stattfinden und man erhält vernünftige mRNAs.
Welche Intronsequenzen man wählt und wo man sie einbauen sollte, so dein Text, kann man aber nicht voraussagen, sondern muss es ausprobieren.
__________________
Ich habe zwar auch keine Lösung, aber ich bewundere das Problem!
zarathustra ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 24.08.2018, 11:35   #5   Druckbare Version zeigen
Thrips  
Mitglied
Beiträge: 59
AW: Introns einfügen, warum?

Kleine Anmerkung am Rande: Ich finde es überhaupt nicht schlimm wenn man als Student nicht alles von Anfang an weiss (das wäre schon sehr verwunderlich) und es ist Teil meiner Aufgabe die Studenten soweit zu bringen, dass sie ihr Thema beherrschen.
Wo ich aber wirklich richtig sauer würde, ist wenn jemand meine Projektbeschreibungen, ohne Rücksprache, im Internet veröffentlicht.
Das Wichtigste an einer Zusammenarbeit ist doch, dass man sich gegenseitg vertrauen kann und dass ich weiss dass ich mich auf meine Mitarbeiter verlassen kann. Dass auch Fehler kommuniziert werden, damit man konstruktiv Lösungen findet und sich nicht ewig an Symptomen abarbeitet die durch Missverständnisse oder unpräzise oder unvollständige Kommunikation entstehen!
Thrips ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 24.08.2018, 14:48   #6   Druckbare Version zeigen
DestinyErased  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 9
AW: Introns einfügen, warum?

@zarathustra: Vielen Dank für die Erklärung, das verstehe ich jetzt Ich hatte mir so was ähnliches schon gedacht, aber nichts dazu im Internet gefunden.

@Thrips
Zitat:
Wo ich aber wirklich richtig sauer würde, ist wenn jemand meine Projektbeschreibungen, ohne Rücksprache, im Internet veröffentlicht. [..]
Oh, mir war nicht klar dass man das auch so sehen kann... Ich hatte das eigentlich völlig wertefrei gepostet bzw. mit dem Hintergrund Missverständnisse in der Kommunikation meinerseits vorzubeugen - was ja auch so war mit dem "aberrant splicing", wo ich dachte das damit alternatives spleißen gemeint ist.

Werde ich beim nächsten mal drauf achten.

Gruß
DestinyErased ist offline   Mit Zitat antworten
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