Analytik: Instrumentelle Verfahren
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Spektroskopische Methoden in der Organischen Chemie
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Analytik: Instrumentelle Verfahren Funktion und Anwendung von GC, HPLC, MS, NMR, IR, UV/VIS, etc.

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Alt 21.01.2019, 17:34   #16   Druckbare Version zeigen
Bergler Männlich
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Beiträge: 2.649
AW: Kritik zur Übersicht von chemischen Analyse-Methoden gewünscht

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Ich habe dich so verstanden. Du benutzt Excel, um den Datenouput der Messmaschinen mit Excel-Makros auf die wirklich wichtigen Ergebnisse zu reduzieren. Diese wirklich wichtigen Ergebnisse werden dann in der Datenbank des LIMS gespeichert. Da du von Excel als Datenbank sprichst, enthält die Exceldatei auch eine Tabelle mit früheren Ergebnissen ...
Unser LIMS-System kommt mit Daten im xls- und xlsx-Format besser klar. Theoretisch wäre auch ein Input über CSV- oder xlm-Formate möglich, aber die Erfahrung hat gezeigt, dass die klassischen Excel-Formate stabiler laufen. Von daher der kleine Umweg über Excel.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Genau und nur solche Transformationsprogramme, also Programme die Maschinen-Output in für Menschen lesbare Darstellungen reduzieren, erwarte ich als Open-Source-Programme ...
Das wird es, so glaube ich, in der Art, wie du dir das vorstellst, nicht geben. Die bisherigen großen Gerätehersteller (Agilent, Thermo Fisher, Perkin Elmer, Bruker Daltonics) haben in ihren Softwarepaketen die Möglichkeiten integriert, die Ergebnisse in verschiedener Art (csv, xlm, txt usw.) zu exportieren. Und für diese Dateiformate gibt es bereits entsprechende Software am Markt. Ein Open-Source-Programm, das direkt auf die Rohdaten des Analysengerätes zugreift und diese Lesen kann, wird es auf Grund der Komplexität und der Vielfältigkeit m.E. noch lange nicht geben.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... In der Synthesebaustein würde nur eine Referenz auf die Ergebnisdatei des Analyseautomaten speichern. Über einen Standardschnittstelle könnte der Chemiker das Interpretationsprogramm importieren und der Abfassung seines Berichtes nutzen ...
Ich weiß nicht, wann du das letzte Mal im Labor warst, aber selbst heute ist gerade im Bereich der instrumentellen Analytik zur Stoff- und Substanzidentifikation und -charakterisierung trotz fortgeschrittener EDV- und Computertechnik noch viel Handarbeit notwendig; d.h. viel Arbeit erfolgt noch auf dem Papier.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Nach dem zum Excel-Gesagten erwarte ich nur die oben genannten Transformationsprograme als Open-Source, die die standardisierten Output-Formate der Hersteller verarbeiten können. Diese Transformationsprogramme könnten aber auch von den für die Allgemeinheit forschenden Uni-Wissenschaftlern oder von engagierten Analytikern als Open-Source veröffentlicht werden ...
Das wird es in der von dir gewünschten Art m. E. nicht geben. Selbst als Uni-Wissenschaftler würde ich, falls ich so ein Programm hätte, zunächst mal die Hand draufhalten, da sich damit Geld verdienen lassen könnte, wovon die eigene Forschung unterstützt werden könnte.

Und engagierte Analytiker haben oft nicht die Zeit, sich auch noch um derartiges zu kümmern (zumindest bei mir ist es der Fall).

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Da ich als Frameword TYPO3 für die Fotosynthesekomplex-Software verwenden will, stellt TYPO3 Schnittstellen zur Verfügung, damit Chemiker die benötigten Transformationsmethode selbst einbinden können. Aus diesem Blickwinkel heraus, muss ich beim Programmieren nur grob nicht wissen, was den Chemikern wichtig sein könnte und wieviel Platz die Ergebnisdarstellung auf einem Bildschirm einnehmen könnten. (Vielleicht wird nach diesen Ausführungen mein unverständlicher Satz verständlicher. ) ...
Ich verstehe so annähernd, was du mitteilen möchtest, aber so wirklich schlau werde ich aus deinem Geschreibe nicht. Zuerst Synthese, dann Fotosynthese? Grob nicht wissen,...? Sorry, aber hä?

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Ich denke, dass wir hier unterschiedliche Sichtweisen haben, was Chemie ist. Ich denke, dass du mir aber zustimmst, dass in einem Synthesprotokoll eine mikroskopische Untersuchung als Beobachtung wichtig ist ...
Wenn denn eine mikroskopische Analyse überhaupt was bringt. Im Bereich der Synthese (ich gehe davon aus, dass es sich immer noch um Synthesechemie handelt) sind die für Chemiker interessanten Informationen mit einem Mikroskop schlicht nicht erfassbar, es sei denn, man greift zur Rasterkraftmikroskopie.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Ich habe ein gute Gefühl für Schnittstellen und ich habe eine kleine Ahnung, was ein Chemiker bzw. ein Chemiestudent ungefähr haben wollen würde ...
Genau das ist der Punkt: Woher nimmst du die Sicherheit, dass das, was deiner Meinung nach die Chemiker und Chemiestudenten haben wollen würden, tatsächlich von den Chemikern gewollt wird? Was ist, wenn sich deine eingeengte Sichtweise nicht mit der breiten Masse deckt?

Gruß Bergler
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Alt 21.01.2019, 21:15   #17   Druckbare Version zeigen
Padina Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 13
AW: Kritik zur Übersicht von chemischen Analyse-Methoden gewünscht

Zitat:
Zitat von Bergler Beitrag anzeigen
Unser LIMS-System kommt mit Daten im xls- und xlsx-Format besser klar. Theoretisch wäre auch ein Input über CSV- oder xlm-Formate möglich, aber die Erfahrung hat gezeigt, dass die klassischen Excel-Formate stabiler laufen. Von daher der kleine Umweg über Excel.
Was ist xlm-Format. Eine XML-Variante? Das könnte ich vermutlich einfach in 'lesbares' HTML konvertieren.
CSV ist ähnlich wie JSON oft problematisch, weil es Wissen zur Daten-Semantik voraussetzt.

Zitat:
Zitat von Bergler Beitrag anzeigen
Das wird es, so glaube ich, in der Art, wie du dir das vorstellst, nicht geben. Die bisherigen großen Gerätehersteller (Agilent, Thermo Fisher, Perkin Elmer, Bruker Daltonics) haben in ihren Softwarepaketen die Möglichkeiten integriert, die Ergebnisse in verschiedener Art (csv, xlm, txt usw.) zu exportieren. Und für diese Dateiformate gibt es bereits entsprechende Software am Markt. Ein Open-Source-Programm, das direkt auf die Rohdaten des Analysengerätes zugreift und diese Lesen kann, wird es auf Grund der Komplexität und der Vielfältigkeit m.E. noch lange nicht geben.
Wann habe ich geschrieben, dass dich die Maschinen steuern will. Ich will nur ihre Messergebnisse haben und im Datenobjekt „Syntheseprotokoll XYZ“ speichern und visualisieren.

Zitat:
Zitat von Bergler Beitrag anzeigen
Ich weiß nicht, wann du das letzte Mal im Labor warst, aber selbst heute ist gerade im Bereich der instrumentellen Analytik zur Stoff- und Substanzidentifikation und -charakterisierung trotz fortgeschrittener EDV- und Computertechnik noch viel Handarbeit notwendig; d.h. viel Arbeit erfolgt noch auf dem Papier.
Mein letzter Laboraufenthalt ist Ewigkeiten her. Papier ist ein Datenträger, der sich für statistische Untersuchungen her schwer verarbeiten lässt. Deine Ausführungen zeigen, dass elektronische Datenerfassung bisher wenig ins Labor Einzug gehalten hat.

Zitat:
Zitat von Bergler Beitrag anzeigen
Das wird es in der von dir gewünschten Art m. E. nicht geben. Selbst als Uni-Wissenschaftler würde ich, falls ich so ein Programm hätte, zunächst mal die Hand draufhalten, da sich damit Geld verdienen lassen könnte, wovon die eigene Forschung unterstützt werden könnte.
TYPO3, PHP, MYSQL, Unix: diese Software und viele anderer Projekte werden von Unternehmen bewusst gefördert, die begriffen haben, dass man gerade im Softwarebereich gemeinsam mehr erreicht. Unternehmen wie google und Microsoft fördern unter anderem mit 'Angular' einen OpenSource-Standard für TypeScript und für ein komplexes JavaScript-Framework, um so für die Datenerfassung bei ihren Suchmaschinen einen Wissenvorsprung vor anderen Konkurrenten zu bekommen und gleichzeitig die Entwicklung der Browsertechnologie in eine bestimmte Richtung zu lenken.
(Man könnte zum Beispiel auch überlegen, eine Syntheseprotokoll-Erfassung mit Angular zu bauen, was einige Vor- aber auch einige Nachteile mit sich bringen würde.)
Ich verstehe deine Bewertung so, dass derzeit die Kultur des wissenschaftlichen Austausches in der Chemie eher unterentwickelt ist.
Ein weitsichtiges Unternehmen würde solche OpenSource-Initiativen fördern, um selbst die Standards lenken und im Erfolgfall davon profitieren zu können.

Zitat:
Zitat von Bergler Beitrag anzeigen
Wenn denn eine mikroskopische Analyse überhaupt was bringt. Im Bereich der Synthese (ich gehe davon aus, dass es sich immer noch um Synthesechemie handelt) sind die für Chemiker interessanten Informationen mit einem Mikroskop schlicht nicht erfassbar, es sei denn, man greift zur Rasterkraftmikroskopie.
Ich werde in diesem Thread nicht mehr darüber diskutieren, für welchen Anwendungsfall welche Untersuchungsmethode sinnvoll ist. Solche Diskussionen bringen diesen Threads nicht weiter, denke ich.

Zitat:
Zitat von Bergler Beitrag anzeigen
Genau das ist der Punkt: Woher nimmst du die Sicherheit, dass das, was deiner Meinung nach die Chemiker und Chemiestudenten haben wollen würden, tatsächlich von den Chemikern gewollt wird? Was ist, wenn sich deine eingeengte Sichtweise nicht mit der breiten Masse deckt?
Woher nimmst du die Sicherheit, dass mein Konzept nicht funktioniert? Du schreibst selbst, dass Chemiker bislang viel mit Papier arbeiten. Chemiker arbeiten also im Bereich Dokumentation eher ineffizient. Wer hier also die Standards setzen kann, kann im Erfolgsfall der Konkurrenz Marktanteile abnehmen oder die Marktführerschaft im BigData-Bereich erlangen. Wer seine alten Methoden beibehält, macht es wie die Masse und bleibt frei von Kritik.

Mit besten Grüßen

Dieter


P.S. Fotosynthesekomplex-Software => vermutlich nicht reproduzierbarer Clickfehler bei Rechtschreibprüfung. Gemeint war 'Syntheseprotokoll-Erfassungssoftware'.
Padina ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 22.01.2019, 11:51   #18   Druckbare Version zeigen
Bergler Männlich
Mitglied
Beiträge: 2.649
AW: Kritik zur Übersicht von chemischen Analyse-Methoden gewünscht

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
Was ist xlm-Format. Eine XML-Variante? ...
Schreibfehler meinerseits. Tatsächlich ist XML gemeint.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Wann habe ich geschrieben, dass dich die Maschinen steuern will ...
Ich habe NIE geschrieben oder behauptet, dass du die Maschinen steuern willst. Ich habe dich so verstanden, dass du möglichst direkten Zugriff auf die Rohdaten, welche die Maschine nach der Messung ausspuckt, haben möchtest; bspw. auf das fertige UV/VIS-Spektrum. Und das wird nicht so einfach möglich sein (auch nicht mittels Open-Source), da jeder Gerätehersteller dazu eine eigene Datenstruktur hat. Es gibt aber die Möglichkeit, die Messergebnisse in der Gerätesoftware in ein gängiges, lesbares Datenformat zu konvertieren.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Deine Ausführungen zeigen, dass elektronische Datenerfassung bisher wenig ins Labor Einzug gehalten hat ...
Die elektronische Datenerfassung ist schon im Labor angekommen, aber hauptsächlich nur im Bereich der Routineanalytik (Stichwort: Paperless Laboratory) oder bei sonstigen standardisierten Routineanwendungen. Aber im Bereich der forschenden Synthese ist neben EDV halt vieles noch Handarbeit, da die Erfahrung und Intuition des forschenden Chemikers gefordert ist.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Ich verstehe deine Bewertung so, dass derzeit die Kultur des wissenschaftlichen Austausches in der Chemie eher unterentwickelt ist ...
Zu behaupten, dass der wissenschaftliche Austausch in der Chemie unterentwickelt sei, ist fern der Realität. Es gibt genügend nationale und internationale Symposien, Tagungen, Messen, Fachzeitschriften usw. die als Ziel den wissenschaftlichen Austausch pflegen.

Es ist aber nun mal so, dass bei erfolgreicher Neuentwicklung zunächst mal der Daumen draufgehalten wird (nicht nur in der Chemie, sondern in allen Wissenschaften). Es wird zwar die Information der erfolgreichen Entwicklung mitgeteilt, aber es wird nichts verschenkt. Ich war lange genug in der Forschung tätig, um das bestätigen zu können. Hintergrund ist die Wahrung von (Patent-)Rechten und manchmal auch finanzielle Interessen.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Woher nimmst du die Sicherheit, dass mein Konzept nicht funktioniert? ...
Ich habe nie gesagt, dass dein Konzept nicht funktioniert. Ich wollte dich nur darauf hinweisen, dass dein Konzept möglicherweise nicht funktionieren KANN. Als Analytiker habe ich gelernt, einen Sachverhalt oder ein Problem von mehreren Seiten zu betrachten und auch das unangenehme zu sehen. Da du von deinem Konzept voll überzeugt zu sein scheinst, wollte ich dir nur die Möglichkeit aufzeigen, dass du mit deiner Lösung auch gegen eine Wand rennen kannst, da sie von der breiten Masse nicht akzeptiert wird.

Daher meinerseits nochmals die Fragen (da ich keine Antwort erhalten habe):

Genau das ist der Punkt: Woher nimmst du die Sicherheit, dass das, was deiner Meinung nach die Chemiker und Chemiestudenten haben wollen würden, tatsächlich von den Chemikern gewollt wird? Was ist, wenn sich deine eingeengte Sichtweise nicht mit der breiten Masse deckt?

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Du schreibst selbst, dass Chemiker bislang viel mit Papier arbeiten. Chemiker arbeiten also im Bereich Dokumentation eher ineffizient ...
Dir scheint nicht klar zu sein, dass Chemiker nicht gleich Chemiker ist.

In meinem Labor (Routine- und Auftragsanalytik) erfolgt die Dokumentation zu 90% digital. Nur in den Bereichen, in denen es gesetzl. Vorgaben gibt, wird zusätzlich noch auf Papier dokumentiert (im gutachterlichen Bereich, wenn die Dokumentenechtheit im Vordergrund steht).

In forschenden Laboren (zumindest die, die ich von innen gesehen habe) ist die digitale Dokumentation auch sehr weit fortgeschritten (wir hatten schon mal das Stichwort LIMS). Aber es gibt in der Forschung auch noch viel Handarbeit, da einem PC oder einer Software keine Erfahrung und Intuition programmiert werden kann.

Zitat:
Zitat von Padina Beitrag anzeigen
... Wer hier also die Standards setzen kann, kann im Erfolgsfall der Konkurrenz Marktanteile abnehmen oder die Marktführerschaft im BigData-Bereich erlangen ...
Das kann jetzt so verstanden werden, dass es dir "nur" um den schnöden Mammon geht - und das widerspricht so ziemlich deinen Open-Source-Gedanken von oben.

Gruß Bergler
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Alt 22.01.2019, 12:17   #19   Druckbare Version zeigen
chemiewolf Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.593
AW: Kritik zur Übersicht von chemischen Analyse-Methoden gewünscht

Quintessenz der bisherigen Beiträge dürfte doch sein, dass das Projekt nicht mal so eben aus den Ärmel geschüttelt werden kann. Um das vernünftig zu machen, bedarf es einer Projektgruppe mit Fachleuten aus Theorie und Praxis und genügend Zeit.
__________________
The State Senate of Illinois yesterday abandoned its Committee on Efficiency and Economy for reasons of 'efficiency and economy'.
De Moines Tribune, 6 February 1955
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Alt 22.01.2019, 12:33   #20   Druckbare Version zeigen
Bergler Männlich
Mitglied
Beiträge: 2.649
AW: Kritik zur Übersicht von chemischen Analyse-Methoden gewünscht

Zitat:
Zitat von chemiewolf Beitrag anzeigen
Quintessenz der bisherigen Beiträge dürfte doch sein, dass das Projekt nicht mal so eben aus den Ärmel geschüttelt werden kann. Um das vernünftig zu machen, bedarf es einer Projektgruppe mit Fachleuten aus Theorie und Praxis und genügend Zeit.
Das sind wahre Worte!

Gruß Bergler
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Alt 25.01.2019, 01:06   #21   Druckbare Version zeigen
Padina Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 13
Zitat:
Zitat von chemiewolf Beitrag anzeigen
Quintessenz der bisherigen Beiträge dürfte doch sein, dass das Projekt nicht mal so eben aus den Ärmel geschüttelt werden kann. Um das vernünftig zu machen, bedarf es einer Projektgruppe mit Fachleuten aus Theorie und Praxis und genügend Zeit.
Ja. Für die Erfassungsoftware in einer gut nutzbaren Beta-Version würde ich 6-9 Monate rechnen, da kaum eine wirkliche Programmlogik zu programmieren ist. Für eine Extension zur Extraktion von SQL-Objekten in exportierbare XML-Objekte würde ich 6-9 Monate rechnen. Und für die ersten XSLT-Scripte zur Aufbereitung großer Datenmengen nochmal 12 Monate.



Den Aufwand für Optimierungen habe ich nicht mit berücksichtigt. Es wäre nur eine einfache, quelloffene, leicht erweiterbare Version.



Aber gut. Ich erwarte nicht, dass ich hier Investoren finde. Ich wollte hier nur das Konzept des Piktogrammsschemas diskutieren. Dazu gab es keine wirklich große Kritik - von den Anmerkungen zum Fehlen der Atomspektroskopie und zur feineren Untergliederung der Massenspektroskopie mal abgesehen.


@Bergler

Danke für die konstruktive Diskussion.


Warum ich glaube, dass es ein Erfolg wird? Weil das geplante Konzept für das User-Interface einfach zu programmieren und anzuwenden ist. Kritiker werden es leicht modifizieren können.


Dieter
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