Biologie & Biochemie
Buchtipp
Ökologie
C.R. Townsend, J.L. Harper, M. Begon
39.95 €

Buchcover

Anzeige
Stichwortwolke
forum

Zurück   ChemieOnline Forum > Naturwissenschaften > Biologie & Biochemie

Hinweise

Biologie & Biochemie Ein Forum für Molekularbiologie, Genetik, Gentechnik und andere biologische sowie biochemische Themen.

Anzeige

Antwort
 
Themen-Optionen Ansicht
Alt 04.04.2019, 23:48   #1   Druckbare Version zeigen
Bioch Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 35
Ethanol Denaturierung

Moin. Wenn ich ein Protein mit Ethanol denaturiere. Wird es dadurch hydrophober? Demnach müssten doch Enzyme die besonders an hydrophoben Aminosäuren schneiden besser sein, als jene die an aromatischen Aminosäuren schneiden oder?
Bioch ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 05.04.2019, 07:20   #2   Druckbare Version zeigen
chemiewolf Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.885
AW: Ethanol Denaturierung

Zitat:
Zitat von Bioch Beitrag anzeigen
Demnach müssten doch Enzyme die besonders an hydrophoben Aminosäuren schneiden besser sein, als jene die an aromatischen Aminosäuren schneiden oder?
Eine sehr gewagte These. Vor allem weil aromatische AS auch nicht wirklich hydrophil sind.
__________________
The State Senate of Illinois yesterday abandoned its Committee on Efficiency and Economy for reasons of 'efficiency and economy'.
De Moines Tribune, 6 February 1955
chemiewolf ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 05.04.2019, 11:00   #3   Druckbare Version zeigen
Bioch Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 35
AW: Ethanol Denaturierung

Ich weiß es ja nicht, das war eine Frage . Also ob die dadurch hdrophober werden durch die Denaturierung mit Ethanol
Bioch ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 05.04.2019, 11:29   #4   Druckbare Version zeigen
Fulvenus Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.381
AW: Ethanol Denaturierung

Die Denaturierung durch Ethanol bedeutet,daß die natürliche Faltung des Proteins,
welche sich u.a. durch die verschiedenen intramolekularen Wechselwirkungen ergibt,aufgehoben wird,da z.B. die WW hydrophober Seitenreste(Bildung eines hydrophoben Kerns...) durch Ethanol gestört wird.Dabei werden aber die Seitenreste nicht hydrophober,das Protein besitzt dadurch nur eine andere Tertiärstruktur.Ein Enzym wird sich nicht an der Solvathülle orientieren,sondern an den eigentlichen Seitenresten.Beachte,daß auch Enzyme Proteine sind,die uU. durch Ethanol denaturiert werden.
Gibt es ein konkretes Problem/Enzym?

Fulvenus!
Fulvenus ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 05.04.2019, 19:48   #5   Druckbare Version zeigen
Bioch Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 35
AW: Ethanol Denaturierung

Danke für die Antwort Fulvenus. Ich habe Pepsin und Alcalase als Enzyme die nen denaturiertes Protein spalten. Alcalase ist viel effektiver als Pepsin. Pepsin schneidet an aromatischen Aminosäuren, an Glutaminsäure, Aspartat und Leucin. Alcalase hat andere Schnittpunkte (bevorzugt carboxylseite, aber allgemein hydrophobe Aminosäuren). Da die aromatischen Aminosäuren auch hydrophob sind (habe ich recherchiert) verstehe ich nicht wieso Pepsin so viel schlechter ist, denn Alcalase schneidet auch überwiegend an hydrophoben Stellen. Liegt es vielleicht an der Zusammensetzung des denaturierten Proteins? Muss es ja irgendwie. Ich glaube die Spezifität von Pepsin passt einfach nicht für das Protein (so stand das in nem paper, aber nicht näher erklärt, damit will ich mich nicht zufrieden geben).
Bioch ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 06.04.2019, 10:22   #6   Druckbare Version zeigen
zarathustra  
Moderator
Beiträge: 11.685
AW: Ethanol Denaturierung

Zitat:
Zitat von Bioch Beitrag anzeigen
Ich habe Pepsin und Alcalase als Enzyme die nen denaturiertes Protein spalten. Alcalase ist viel effektiver als Pepsin. Pepsin schneidet an aromatischen Aminosäuren, an Glutaminsäure, Aspartat und Leucin. Alcalase hat andere Schnittpunkte (bevorzugt carboxylseite, aber allgemein hydrophobe Aminosäuren). Da die aromatischen Aminosäuren auch hydrophob sind (habe ich recherchiert) verstehe ich nicht wieso Pepsin so viel schlechter ist, denn Alcalase schneidet auch überwiegend an hydrophoben Stellen. Liegt es vielleicht an der Zusammensetzung des denaturierten Proteins? Muss es ja irgendwie. Ich glaube die Spezifität von Pepsin passt einfach nicht für das Protein (so stand das in nem paper, aber nicht näher erklärt, damit will ich mich nicht zufrieden geben).
Pepsin ist offenbar etwas anspruchsvoller, an was für Resten es genau spaltet. Es spaltet laut Sigma zwischen zwei hydrophoben Aminosäuren, wobei hier Ala, Val, Leu, Ile, Phe, Trp und Tyr genannt werden.

Subtilisin scheint da nicht so anspruchsvoll zu sein, habe diese Aussage gefunden:
Zitat:
It has broad specificity with a preference for a large uncharged residue in the P1 position. It hydrolyzes native and denatured proteins, and is active under alkaline conditions.
Ich gehe mal davon aus, dass du unter optimalen Pufferbedingungen für das jeweilige Enzym gearbeitet hast und die gleiche "Aktivität" an Enzymen zugegeben hast. Wenn dabei ein Unterschied besteht und Pepsin offenbar nicht gut abschneidet (), dann lohnt es sich vielleicht, das MS-Digest Tool zu verwenden, um zu schauen, wie gut dein Protein geschnitten werden sollte:
http://prospector.ucsf.edu/prospector/cgi-bin/msform.cgi?form=msdigest

Grüße,
Zara
__________________
Ich habe zwar auch keine Lösung, aber ich bewundere das Problem!
zarathustra ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 07.04.2019, 23:58   #7   Druckbare Version zeigen
Bioch Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 35
AW: Ethanol Denaturierung

Vielen Dank für die Antwort Zara. Ich habe es in einem Paper auch so gelesen. Pepsin scheint durch die hohe Spezifität nicht allzu gut zu sein. Alcalase ist wohl nicht so wählerisch.


Danke für deine Bemühungen!
Bioch ist offline   Mit Zitat antworten
Anzeige
Anzeige


Antwort

Themen-Optionen
Ansicht

Gehe zu

Ähnliche Themen
Thema Autor Forum Antworten Letzter Beitrag
Denaturierung CineX Allgemeine Chemie 4 08.06.2009 14:07
Eiweiß-Denaturierung aufgrund von Ethanol Patrick87 Organische Chemie 5 10.11.2008 23:14
Denaturierung ehemaliges Mitglied Organische Chemie 5 07.04.2007 21:41
Denaturierung mit TCA jannik Biologie & Biochemie 1 07.01.2006 16:52
Denaturierung Nemesis83 Biologie & Biochemie 3 29.12.2004 12:40


Alle Zeitangaben in WEZ +2. Es ist jetzt 01:54 Uhr.



Anzeige