Analytik: Instrumentelle Verfahren
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Analytik: Instrumentelle Verfahren Funktion und Anwendung von GC, HPLC, MS, NMR, IR, UV/VIS, etc.

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Alt 15.03.2018, 13:14   #1   Druckbare Version zeigen
NinaSch weiblich 
Mitglied
Themenerstellerin
Beiträge: 1
LC-MS: Software zur Identifizierung von unique peptides gesucht

Hallo zusammen,

ich arbeite mit LC-MS und suche eine spezielle Software zur Auswertung meiner Daten. Hier die Fragestellung:
Im ersten Schritt suche ich unique peptides meines Proteins, die ich später zum Nachweis des Proteins nutzen kann. Hierfür habe ich Q1 Scans meines verdauten Proteins gemacht und mit der Software PeakView sogenannte contour plots erstellt, die mir m/z über die Zeit darstellen.
Da ich damit nur händisch verschiedene Proben vergleichen kann, wäre es schön eine Software zu haben, die diese contour plots übereinander legen kann. Somit wäre der Vergleich einfacher. Oder, noch besser, die Software wertet solche plots automatisch aus und sagt mir welche Peptide für eine Probe eindeutig sind. Einzige Bedingung an die Software wäre die Kompatibilität mit den Daten von einem AB Sciex Gerät.
Hat jemand eine Idee, welche Software hierfür geeignet wäre?

Danke für eure Hilfe,

viele Grüße
Nina
NinaSch ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 16.03.2018, 09:42   #2   Druckbare Version zeigen
Bergler Männlich
Mitglied
Beiträge: 2.526
AW: LC-MS: Software zur Identifizierung von unique peptides gesucht

Mit etwas Geschick und ein wenig Geduld kann man sich sowas in Excel oder vergleichbaren Programmen selber zusammenschreiben.

Gruß Bergler
__________________
Γνῶθι σεαυτόν - Erkenne dich selbst

Carpe diem! Fasse dich kurz!
Bergler ist offline   Mit Zitat antworten
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Alt 16.03.2018, 14:03   #3   Druckbare Version zeigen
imalipusram  
Mitglied
Beiträge: 6.496
AW: LC-MS: Software zur Identifizierung von unique peptides gesucht

Wenn Du die Datensätze der Plots als ASCII-Files hast und die Aufgabe wiederholt anfällt, nimm GNUPLOT, Matlab oder was Vergleichbares und laß das Problem von einem Script lösen. Auch ein Macro für Excel schafft Zeit für mehr Kaffee.
__________________
I solemnly swear that I'm up to no good!
伍佰 (WuBai - Run run run!) (ein Musikvideo mit dem Bambushaus und dem imalipusram unter den Statisten)
Noch ein nettes Video (nerdy, ein LIHA-Robot)
Und so gehts hier manchmal zu (sowas Ähnliches wie Fronleichnam, hier wird TuDiGong, dem Erdgott, tüchtig eingeheizt!) Oder so (auch ungeeignet für Gefahrstoffphobiker) und so und so.
imalipusram ist offline   Mit Zitat antworten
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Stichworte
auswertung, lc-ms, software, unique peptides

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