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Alt 28.10.2019, 22:01   #1   Druckbare Version zeigen
CRISPR  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 2
CRISPR/Cas9 Knockout Screening

Hallo zusammen,
ich sitze gerade an einem Paper, dass ich nächste Woche vorstellen muss und verzweifle ein wenig.
Dabei geht es insbesondere um ein CRISPR Cas9 Knockout Screening mit bestimmten sgRNAs, um Gene zu identifizieren, die bei Abschaltung für eine Resistenz gegen ein Toxin sorgen. Nun wird davon gesprochen, dass die sgRNAs in die Zelle eingeschleust werden und die Zelle dadurch resistent gegen das zugesetzte Toxin wird; soweit so gut. Weiterhin wird beschrieben, dass die sgRNAs sich dann in den Zellen anreichern. Verstehe ich das richtig, dass die Zellen, die keine sgRNA enthalten dann durch das Toxin absterben, da sie keine sgRNA enthalten, die das verantwortliche Gen schneiden könnte? Und wie kann die sgRNA sich dann in den Zellen anreichern oder ist damit nur gemeint, dass sie in den überlebenden Zellen enthalten ist, die die resistenten Gene enthalten, da sie dort geschnitten hat? Es hört sich für mich z.T. so an als würde sie in das Genom eingebaut werden; ist das möglich? Weiterhin ist außerdem von "Fold Enrichment" und in diesem Zusammenhang auch von den "normalised reads in treated and untreated samples" die Rede, worunter ich mir auch nach langem Googlen leider überhaupt nichts vorstellen kann.

Ich würde mich sehr über Antworten freuen
CRISPR ist offline   Mit Zitat antworten
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Alt 29.10.2019, 07:59   #2   Druckbare Version zeigen
imalipusram Männlich
Mitglied
Beiträge: 7.282
AW: CRISPR/Cas9 Knockout Screening

Möglicherweise hilft Dir das hier weiter: https://www.synthego.com/guide/how-to-use-crispr/sgrna
Hast Du einen Link (am liebsten DOI oder PubMed) zum Paper?
__________________
I solemnly swear that I'm up to no good!
伍佰 (WuBai - Run run run!) (ein Musikvideo mit dem Bambushaus und dem imalipusram unter den Statisten)
Noch ein nettes Video (nerdy, ein LIHA-Robot)
Und so gehts hier manchmal zu (sowas Ähnliches wie Fronleichnam, hier wird TuDiGong, dem Erdgott, tüchtig eingeheizt!) Oder so (auch ungeeignet für Gefahrstoffphobiker) und so und so.
imalipusram ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 29.10.2019, 09:35   #3   Druckbare Version zeigen
CRISPR  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 2
AW: CRISPR/Cas9 Knockout Screening

Vielen Dank schonmal für die Seite, das hört sich alles plausibel und gut verständlich an. Aber leider sind meinen Fragen damit nicht geklärt..
Die DOI zu dem Paper ist: 10.1016/j.isci.2019.05.005..
Die Fragen beziehen sich besonders auf die ersten Abbildungen der Ergebnisse und die angehängten Methoden.
CRISPR ist offline   Mit Zitat antworten
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