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Alt 27.07.2005, 23:05   #6   Druckbare Version zeigen
belsan Männlich
Mitglied
Beiträge: 4.635
AW: Frage zu Hyperchem, ChemDraw3D, Spartan etc.

Die richtige Struktur wirst Du über die Röntgenstruktur zuerst bekommen. Aber es ist sicher sehr interessant und lehrreich Deine Berechnungen damit zu vergleichen. Wenn du dann noch versuchst die Berechnungen zu optimieren um möglichst nahe an die Kristallstrukur heran zu kommen, hast Du schon jede Menge über das Molecular Modelling gelernt. Danach kann man auch eine vorsichtige Prognose für ein ähnliches Molekül abgeben.
Vollständig wird die Übereinstimmung nie sein, weil Du mit dem Computer die Struktur eines einzelnen Moleküls im Vakuum berechnest, die speziell im Bereich der Konformation deutlich von der im Kristall abweichen kann. Hängt natürlich davon ab wie felxibel das Molekül ist.

Zum Ferrocen.
Bei quantemechanischen Berechnungen muss nur die Gesamtladung des Moleküls angeben werden und die räumliche Anordnung der Atome. Herauszufinden was, wo, wie mit wem bindet und wo die Ladungen lokalisiert oder delokalisiert sind ist Aufgabe des Computers. Aber wie gesagt die Startgeometrie muss stimmen, sonst wird irgendein Minimum mit den angebenen Atomen berechnet, ob das nun ein reales stabiles Molekül ist oder nicht.
(Bei Kraftfeldmethoden muss dagegen auch die Vernüpfung der Atome angeben werden, bzw. der genaue Atomtyp; sp3-C, sp2-C usw. Der wird von den Programmen meist automatisch erkannt, aber manchmal ist es nötig von Hand nachzubessern)

Bei der Kratfelberechnung hab ichs einfach mal ausprobiert und es ist was ferrocenartiges rausgekommen. Der Fe-Cp Abstand war aber sehr groß. Hat mich auch gewundert, dass das anstandslos berechnet wurde. Müsste aber nochmal nachsehen wie die Bindungslängen waren und welche Atomtypen da zugeordent wurden. Eigentlich hätte ich erwartet, dass gar nichts dabei rauskommt.

EDIT:Chem3D hat glaube ich nur Kraftfeldmethoden implementiert. Die sind für Koordinationsverbindungen an sich völlig wertlos. Man kann Chem3D als Interface für Gaussian oder Gamess benutzen, aber dazu muss man die Programme erst mal haben. Zu Spartan kann ich nicht viel sagen.
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Gruß belsan

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Geändert von belsan (28.07.2005 um 00:36 Uhr)
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